小咖带领神奇的咖宝伙伴再次出发，一起守护时空。在这一季中，来自宇宙的外星人们带来全新的危机与挑战，它们偷走红色制造城市大乱、吸收海水严重影响生态、抢夺动物危害自然生命，还为了得到黄金而夺走人类的各种资源，甚至还与捣蛋兄妹结盟四处作乱，小咖和咖宝们每一次都果断出击，化解各种危机，他们又回到过去拯救远古生命、维护时空稳定，对付偷猎者、盗窃集团、诈骗分子和黑心商人，以及守护人们、动物们的安全和快乐，时刻保卫身边世界的和平与安宁。
21世纪顶尖的金牌特工苏轻盈，却在一次执行拆弹人物时，因为自己一个喷嚏拆错线爆炸，神奇般穿越。穿越后的她成了东岳国懦弱痴傻的五公主，而且因被人设计中毒而面有青斑。之后女主自行解毒，渐渐恢复容貌。本是西冥国瑞王轩辕澈的未婚妻的她，却惨遭抛弃暗算中了媚毒，被扔在城郊破庙，差点被傻子轻薄。女主决心再好好活一次，为原主报仇雪恨。
三年前，云青岩从凡人界意外坠入仙界。三千年后，他成为叱咤仙界的云帝。破开虚空，回到凡人界的云青岩发现这里的时间只过了三年。曾经，我没有实力守护心爱之人，如今，我要整个世界匍匐在我脚下。
桃夭带着小和尚磨牙、第一季收服的小狐妖、桃都老邻居柳公子一起，为了寻找失踪的百妖谱而云游四方。在途中遇到应声、化蛇、媪姬、照海四个妖怪，为妖怪治疗各种疑难杂症。
ついに感動のフィナーレ! ! ! 愛と感動のアットホーム・ラブコメ、最後まで見届けよ!
该片讲述秋季之后的故事，从原作漫画第7集的剧情接续下去。除了小野寺小咲的妹妹小野寺春、小野寺春的好友小风和从美国飞来的宝拉·马可伊之外，其他还有千棘的母亲桐崎华等个性鲜明的新人物也将陆续登场。
明日岛虽然鼓励创新，但新技术存在着很高的风险，同时明日岛也面临着很多自然灾害。面对各种危机，由代表科学（S）的赛拉斯、技术（T）的甜甜、工程（E）的爱迪、艺术（A）的阿力、数学（M）的曼妮莎和运动（！）的小金组成的超学先锋就会挺身而出，赶往救援的第一线。在塞拉斯的指挥下，队员们分工合作，利用各种科学知识解决各种麻烦。在处理危机的过程中，队员们可能会产生观点和行动上的分歧，但最后大家总能坚持团结合作精神，并找到解决问题的最佳方案。而人工智能百变校巴作为超学先锋的重要成员，也会变身各种工程车，助力救援行动。
在从便利商店回家的路上，突然被异世界召唤的少年菜月昴。在无法依靠任何东西的异世界，无力的少年手唯一的力量……那是“死去然后重新开始”的力量。为了守护最重要的人们，为了取回确实存在着又无可替代的时间，少年抗拒着绝望，勇敢地面对着残酷的命运。（本次新编集版在第一季动画基础上追加新场景，以2话合并成1话的形式制作成单集时长1小时的特别篇）
