故事讲述两派来到地球后，因为发生了一些“事件”，导致双方外形大变（也解释了两系列风格不同的原因）。也由于这些“事件”，变形金刚要隐藏于人类社会之中。如何去平衡一切关系是擎天柱作为领袖将要面临的考验，本作品的标题也由此而来。 值得一提的是，本次两派领袖 擎天柱 和 威震天 的配音者是久违的梦幻组合：来自初代动画的 Peter Cullen jijidy.com 和 Frank Welker！他们在阔别电视版的变形金刚作品多年后，再次一起回来共演这双经典的死对头！
后文明时代，地球异象频发，名山大川中出现异果，生灵凭借异果发生异变。大学生楚风，在失恋旅行中误入青铜昆仑山中，在地球复苏之际意外觉醒至尊人王血统，开启制霸修行之路！
身患绝症的李阎，机缘巧合之下进入光怪陆离的阎浮世界，凭借着一身硬功夫一步步成为强者。而在行走于一个个阎浮世界的过程中，他也开始发现这个世界真正的秘密。
某天突然出现了一个神奇的按钮。按下按钮后，就转移到了另外一个异世界！！ 从其他世界转移而来的角色们在那里大集合……！？
森丘耕平（神谷浩史 配音）是一名自由摄影师。某一日，在一处德国古堡拍摄的耕平意外的和被囚禁在其中的少女叶月（斎藤千和 配音）相遇了。原来，叶月是吸血鬼，在吸了耕平的血后却意外的发现耕平是一名可以将她的念咒无效化的能力者。在误打误撞中，耕平破坏了古堡的封印，他和叶月得以重获自由。 就这样，无依无靠的叶月住进了耕平的家。虽然个性有些任性，但叶月的善良和不谙世事打动了耕平，在她的身上，耕平仿佛看到了自己的影子。于是，耕平决定带领叶月，踏上替她寻找母亲的旅程。随着叶月的身世渐渐浮出水面，来路不明的敌人也接二连三的出现，在叶月和耕平的身上，究竟隐藏了什么不可告人的秘密呢？
全52話と全25話で2度のTVアニメ化を果たした漫画『ハヤテのごとく！』の劇場アニメ化が決まった。アニメーション制作は第1期のSynergySPでもなく、第2期のJ.C.STAFFではなく、マングローブ。 監督は劇場アニメ『ハヤテのごとく！』が初監督作品となる小森秀人さん。脚本は『灼眼のシャナ』シリーズや『仮面ライダー電王』の小林靖子さん。
“反转世界”是存在于这个世界内部的镜子般不可思议的世界。那个美丽而规则的世界，是骑拉帝纳栖居的特殊空间。然而帝牙卢卡和帕路奇犽的战斗造成了时空的扭曲，“反转世界”也因此完全被阴霾笼罩。由于自己的世界被污染而被激怒的骑拉帝纳找到了帝牙卢卡，并想将其拖入反转世界中。 “现实世界”，在继续旅行的小智和皮卡丘一行的面前出现了一个小小的，几乎看不见的精灵。那是有“花媚”之称的感谢神奇宝贝洁咪。被卷入帝牙卢卡和骑拉帝纳的战斗的洁咪在千钧一发之际从反转世界逃出。小智一行带着精疲力竭的洁咪前往神奇宝贝中心。 洁咪用心电感应将小智一行带到了它的“葛拉西蒂亚花(グラシデア)花田”，并告诉他们在这“葛拉西蒂亚花”中隐藏着巨大的秘密。正准备离开神奇宝贝中心的小智等人遇到了前来捕捉洁咪的火箭队。而与此同时，神奇宝贝中心外的装饰品的镜面上出现了“次元旋涡”，将火箭队、洁咪连同小智一行人一起全部带往了反转世界。 从次元旋涡中脱出的小智一行人环顾四周，这里是倒立着一排排建筑物，空中处处漂浮着乌云的，广大而不可思议的反转世界。 就在这时，骑拉帝纳突然出现，向洁咪发动攻击。小智等人正要与骑拉帝纳对抗，却传来制止之声。说话者是名叫穆玄·葛雷斯蓝多的学者，他告诉小智等人不可以让骑拉帝纳生气。 正在小智一行在穆玄·葛雷斯蓝多的帮助下向现实世界回返之时，企图利用骑拉帝纳的力量支配世界的，驾驶着高科技母舰“百万力霸”的谜之青年，杰洛出现了。和洁咪一起继续着探索花园之旅的小智一行没能逃过杰洛的追踪。 前所未有的冒险之旅的高潮，等待着你的是超越想像的“美丽奇迹”!
为了继承父亲帝野熊五郎（小山力也 配音）的遗嘱，高中生帝野将悟（樱井孝宏 配音）进入了贵族学校深流院学园学习如何成为一个合格社长，不仅如此，在接下来的两年中，将悟还必须在学园中找到可以托付一生的结婚伴侣。这可难倒了个性普通的将悟，不过，世上无难事，将悟愉快的高中生活就要开始了。 在生日的当天，将悟接到了一个自称是“妹妹”的女孩打来的电话，然而这位妹妹究竟是谁，将悟毫无头绪。在学园中，将悟结识了许多可爱的女孩子，有学级委员鹤真心乃枝（石原夏织 配音），沉默害羞的神凪雅（佐仓绫音 配音），高智商少女嵯峨良芽衣（日高里菜 配音）等人，而将悟感觉到，那个神秘的妹妹，就藏在这些花朵般柔软的女孩子们之中。
巨无霸们押送威震天返回塞博特恩时，威震天逃脱，率先抵达塞博特恩，并完全控制了塞博特恩，击落了巨无霸们的飞船。威震天企图消灭全部有机形态元素，在塞博特恩上撒播病毒，抽取了所有变形金刚的火种，以将其纯化为无机化力量。擎天圣率领小分队顽强抵抗，在圣贤的指引下，激发了塞博特恩内部的有机能源，对抗威震天的机械兵军团（武装兽）。最后，威震天成功收集所有变形金刚的火种并纯化自己，变得异常强大，企图利用魔力神球之钥将塞博坦完全无机化，擎天圣为阻止威震天而与其同归于尽。塞博坦转变为充满绿色的有机星球，擎天圣用生命换来了塞博坦有机与无机的和谐统一。
