在人类生活的世界里，存在着另一个完全独立的平行世界纳尤古。纳尤古由拥有魔法的精灵师和精灵组成，他们将人类世界称之为“大方块”。10岁的小学生包小龙，大方块的一名小学生，然而他天生就有点不同，常常把老鼠、蟑螂等动物们看成可爱的小精灵。小龙的异常得不到家人的理解，更被同学和小伙伴们排斥。有一天，一颗粉红色的流星飞进了小龙的眼睛里，他开始听得到小精灵们的心声。精灵们不断涌现，惊呼小龙就是“那个人”黄金龙的精灵师。正当小龙迷惑不解时，他收到来自纳尤古齐格威精灵师学校尤达校长的信。
むかしむかし。日出国の神様は、生まれたばかりのこの地を守るために十二の神の使いを選ぶお祭りを催しました。十二支に選ばれた干支娘たちは、この地を永きに渡り守ってきました。選ばれなかった猫と共に。これは、昔昔から続いている、猫と十二の干支娘たちのお話・・・ 60年に一度の干支神選抜祭、『ETM12』が幕を閉じ、2000年続いたネコとネズミの因縁にも(一応) 決着を見たあの日から数ヶ月後。世界各国を巡るソルラルバトル行脚から戻った「にゃ~たん」はタケルが修学旅行中なのをいいことに、今日も好き放題、干支神たちとワイワイガヤガヤ。そんなある日、 謎のえと娘、「なぁ~たん」が現れる。 にゃ~たんを姉のように慕い、真っすぐな好意を隠そうともしない「なぁ~たん」の登場に困惑気味の干支神たち。のぼせて有頂天の「にゃ~たん」は「なぁ~たん」とすっかり意気投合、みんなもいつしかこの新たな同居人を歓迎し、いつもと変わらぬ賑やかさでタケルの帰りを待つのだった。 ある日のタケル邸、ふとしたことからいつもと違う世界の動きを干支神たちが感じ取る。そこに突如、空から現れるチュウたん。どこかただならぬ様相で口を開き、「ある知らせ」を告げる。 「封印が解けるぞ・・・」 実は「なぁ~たん」は本人も忘れている「使命」を託された、神の遣いで・・・
作品以只能依靠维生仪器活着的少女「各务桂菜」为主角，在现实世界失去自由的她，只能在VRMMORPG「里亚德录」中四处探险。在因为仪器停止运作的意外中失去生命，没想到却转生到200年后的「里亚德录」之中。她将以高等精灵「葵娜」的身份，在新世界中旅行，尝试调查200年空白期间所发生的事件。
“我被冥界拉黑了，所以死不了。”因为某种原因，他被冥界禁止入内，无法回归冥界。为了回到冥界，他开始将幽灵拥有的“灯火”收集到自己的灯笼里。这个神秘的“自称仙人”——鼹鼠（百暗桃弓木），行踪诡异。据说，遇到他的人会开始看见一些奇怪的事物……
女神天国（没有一个男人）里第一的剑士，十分帅气的女孩子。[大姐姐更恰当吧？] 也是守护女神的几位巫女之一。剑术一流，勇气也可嘉。但个性有些毛毛躁躁，说话不谨慎，有时还犯些小糊涂。不过为人很亲切随和，很受其他女孩子的欢迎，是个大众瞩目的公众人物。（虽然这不是她自己的意愿……） 为了扫除 人世间的罪恶，女神天国用一颗叫作「星灵石」的装置吸净恶势力，并成为代代妈妈女神 传承的信物。
菈菈是一只喜爱幻想又精力旺盛的小刺猬。有一天，森林里的动物们发现提供水源的水之魔法石竟然不见了，没有了水之魔法石，动物们将面临干旱甚至灭绝。勇敢的菈菈自告奋勇地踏上取回魔法石的旅程，胆小的松鼠小杰也被指派加入冒险，个性天差地别的两人一路上争执不休，但也一起克服了许多难关，他们下定决心要不计一切代价，从可怕的熊王手中夺回珍贵的水之魔法石。
女孩图莉普离家出走误上一班无尽的列车，她必须与球形机器人小一和柯基国王艾蒂科斯一路冒险寻找回家的方法。
神秘事件管理机构「民调局」的特别调查员沈辣，在执行任务中身受重伤，濒死之际接受了六室主任吴仁荻的传承-蕴含神秘力量的“种子”。苏醒后，吴仁荻师兄-广仁收其为徒。为寻天理图碎片，沈辣在历经天山狼冢、能量反噬、基金会密谋等事件后，终获吴仁荻认可，得到他给与的远古神器-罪罚双剑。与此同时，民调局的内鬼问题也更加扑朔迷离，沈辣和搭档孙德胜再次投入战斗。
《超次元游戏 海王星》TV动画于2013年7月12日~9月27日播放共12话，另于2014年10月16日在Animax播放新增1话，全13话。 对TV动画重新构成的总集篇《超次元游戏 海王星 THE ANIMATION：Hi☆Light》全2话，分别于2020年10月28日、2020年11月25日发售。 新OVA1《超次元游戏 海王星 THE ANIMATION：涅普的暑假》于2019年7月8日在PlayStation Video配信，2020年12月25日发售。 新OVA2《超次元游戏 海王星 THE ANIMATION：充满涅普涅普的感谢祭》于2021年12月15日在MiloQ+配信，2022年10月26日发售。 新OVA3《超次元游戏 海王星 THE ANIMATION：沐浴阳光的紫茄子花》于2023年4月发售。
